Katechetickou sekci tvoří pedagogové, kteří vyučují předměty zabývající se náboženstvím a spřízněnými obory. Jejím nejdůležitějším předmětem je výuka religionistiky, která tvoří součást povinných předmětů s hodinovou týdenní dotací. Se zřetelem na zřizovatele školy je ve výuce kladen důraz na křesťanství, ale nevyhýbáme se ani jiným náboženským systémům.

Pro každou třídu bývají připravovány tzv. meditační dny. Jde o aktivitu s cílem uvědomění si duchovních hodnot v praktickém životě. Témata jsou volena tak, aby odpovídala otázkám současného člověka. 

Pedagogové katechetické sekce nabízejí také dva dobrovolné semináře. Pro nižší gymnázium tzv. OK klub a pro všechny studenty dobrovolný seminář pro bližší seznámení s křesťanstvím a s duchovním životem.

Další dobrovolnou aktivitou je každotýdenní slavení liturgie, ve které studenti zajišťují hudební doprovod, a která pomáhá propojovat život všedního dne s životem duchovním.

Katechetickou sekci v současnosti tvoří 2 kněží, řeholní sestra a dva laičtí učitelé.

Výuka probíhá v následujících blocích:

- starozákonní události a dějiny

- novozákonní události a dějiny

- církevní dějiny

- křesťanská etika a spiritualita

- křesťanská nekatolická náboženství

- nekřesťanská náboženství

- obecná religionistika

Z pilotního předmětu „Religionistika“ je možné skládat školní část maturitní zkoušky